У вас менеджер окон не работает
Что то намудрили вы. Для проверки в терминале:
xfwm4 --replace
xubuntu 12.10: помогло! ИМХО, у меня сей вылет случился когда активно юзал "надстольные" заметки, потом 2 монитора, потом обновление прошло, и после перезагрузки - бац, всё как выше описано. Окна заметок как-то странно себя вели: только одно "держало размер", два других то "держали", то нет. Инфа "на всякий случай", в общем...
Но недолго музыка играла

Обнаружилось, что изменения менеджера окон не сохраняются (хоть птичка "сохранить сеанс" выключена). После перезагрузки то же безбашенное окно, прилипшее к левому верхнему углу. Настройки панелей, однако, сохраняются. В терминале (только нажмёшь Ctrl+Alt+F1, даже без входа) строки:
[...] sd 4:0:0:0: [sdb] Asking for cashe data failed
[...] sd 4:0:0:0: [sdb] Assuming drive cashe: write trough
эти две строки повторяются раз за разом. Что-то с диском (почти новый) или xfwm4 обновить? (а как?)