Действительно, в гномовской сессии можно не указывать имя ключа для аутентификации и требуемый ключ подбирается автоматом в пределах каталога "$HOME/.ssh".
Но если, к примеру, переключиться в другой виртуальный терминал с консолью, то тот же номер не прокатит, и путь до ключа, весьма вероятно, придётся писать руками.
Честно говоря, глубоко не копал, но предполагаю, что тут может быть замешан gnome-keyring.
В общем, самому интересно.