Скорее всего при копировании сначала резервируется место целиком, а потом заполняется данными. В таком режиме ntfs даст максимальную фрагментацию, поскольку каждое изменение файла происходит через запись в новое место и переписывания mft. С другой стороны, если не резервировать место, то файл будет расти мелкими кусочками и заполнять все свободные дырки, что тоже способствует повышенной фрагментации.
Кстати, именно поэтому стараюсь для virtualbox под виндой использовать raw диски. Файлы vdi при каждом запуске виртуальной машины жутко фрагментируюся.