S20cron намекает на стиль загрузки init со своими уровнями загрузки, но сейчас все дистрибутивы активно переходят на другие системы загрузки.
Ubuntu использует upstart, который для совместимости поддерживает старый стиль init, но рекомендуется использовать профиля upstart.
Вот вы и видите косяки ... если крон работает ... то просто игнорируйте и всё.