Честно говоря - не совсем понял в чем вопрос.
Если монтируете командой mount то она UUID тоже понимает - man mount - смотрите там -U - все описано
Хотя мне трудно понять - почему монтрование через fstab дает отличные результаты от mount

ведь fstab тойже командой mount обрабатывается.... Может опции подкрутить... покажите как он у вас в fstab монтируется и как вы его монтируете руками.