У меня то же самое, через некоторое время начинаются тормоза, причём порой тормоза при перемещении окон лишь некоторых приложений, и помогает либо полная перезагрузка, думаю что это очевидно, или перезагрузка компиза
compiz --replace
Однако не очень советую компиз перезапускать, так как после его перезагрузки, у меня не возможно развернуть ни одно приложение из панели unity, что бы приложения нормально стали разворачиваться, для этого я должен кликнуть правой кнопокой мыши по приложению в боковой панели и закрыть его, и так с каждым, после запустить заново, вот такие косяки с Ubuntu 11.10. Видео карточка ATI Mobility Radeon 5470 установлены проприетарные драйвера, кстати о драйверах,

Не понятно чем отличается один от другого, но другой который не установлен, не устанавливается ни как, пробовал даже установить его после установки второго, после скачивания пакетов не может поставить, ругается и предлагает посмотреть логи по адресу, который уже не помню, я их не читал. Просто тут даже из описания не понятно, зачем два одинаковых драйвера и что означает надпись в скобочках.