Поделюсь мыслями по этому поводу:
я слышу подобную статическую помеху при старте oss.
Например, при
sudo soundoff
sudo soundon
Но особенно неприятно почему-то во flash.
ИМХО связано это с инициализацией звуковой карточки аудиодрайвером.
После определенного периода времени, если не было никаких обращений к карточки, драйвер её "отключает".
Соответсвенно, при следующем обращении щелчок повторяется.
Я не знаю, можно ли это поведение скорректировать в конфигах, но могу предложить следующие обходы ошибки:
1. выставить общесистемную громкость где в ~20% - чтобы снизить раздражающий фактор до минимума
2. регулировать уровень громкости непосредственно из приложения (software mixing)
3. включить либо наоборот выключить системные звуки - чтобы карточка не простаивала/не было поводов для неожиданного включения.