снова отрапортую что ноги у проблемы с задвоением букв, неправильных переключений и т.д. растут не из xneur, а из новой (для убунты, в федоре и арче давно уже так) гномовской переключалки раскладок, которая игнорит любые конфиги кроме своего, из-за чего и происходит с xneur то что происходит.
обойти проблему можно, нужно "сломать" конфиг переключалки:
открываем dconf-editor, идем в org/gnome/desktop/input-sources и значение xkb-options ставим, как нам надо:
['grp:alt_shift_toggle,grp_led:scroll']
ну или из консоли (что проще):
gsettings set org.gnome.desktop.input-sources sources "[('xkb', 'us'), ('xkb', 'ru')]"
gsettings set org.gnome.desktop.input-sources xkb-options "['grp:alt_shift_toggle,grp_led:scroll']"
после этих действий не будет переключаться индикатор на верхней панели в GNOME Shell, но xneur нормально заработает везде, включая самый последний chrome