Вся проблема именно в первоначальном включении 2-х раскладок. Если обе появились, то потом не пропадают. У меня обычно так, если повключать-повыключать через Region & Language, то появляются обе. Думаю, зависит от параметров установки Ubuntu (при английской локализации русский язык полностью в системе только через перенастройку попадает).
Т.е. это не проблема xneur, а проблема Unity, что русский есть только в DE, а не иксах. А именно на иксовые настройки ориентируется xneur.