> не понятно где в конце-концов лежит прога
> его компоненты розлетаются
Да, это так. Какого-то одного места где хранится прога нет, в домашнем каталоге /home хранятся пользовательские настройки и все что с этим может быть связано, остальное лежит в / . Если имеется ввиду сам исполняемый бинарник (аналог *.exe), то в общем случае он лежит в каталогах /bin (для юзера) и /sbin (для администратора), поиск по bin и sbin откроет и другие места (используй например $ sudo find / -iname [имя, маска, ...]).
Если интересно узнать полный список файлов, относящихся к данному пакету, то:
$ dpkg-query -L [имя пакета]
Вывод может быть большим
> после установки пакетов, они сохраняются на /var/cache/apt/archives, а почему они остаются там когда удаляеш приложения??
Удалять можно многими способами (если надо то и в ручную при помощи: # rm -rf [имя файла/файлов, или по маске]). Если удаляешь стандартно $ sudo aptitude (или apt-get) remove [имя пакета], то да, не всё удаляется. Для детального ознакомления со всеми возможностями никак не уйти от руководств: man apt-get и man aptitude. Тут есть еще (на русском):
http://fossbook.info/tag/aptitude/http://fossbook.info/tag/apt-get/