Ребята, давайте жить дружно (с).
А теперь по существу вопроса. Копировать можно все, кроме мнимых папок типа /proc и др. (т.к. они не нужны). И ни в коем случае нельзя в новую систему копировать /etc/fstab
Вопрос к ТС: не пробовали проверить ФС на ошибки? А то у меня как-то дополнительный диск (хранилище музыки, фото и всего прочего, примонтированное в каталог ~/vsyakoe) стал вдруг пустым, простая проверка через гпартед нашла и исправила ошибки. В результате все встало на свои места и мне не пришлось ничего восстанавливать из копии.