Да, парсить лог ffmpeg действительно непросто.
Она пишет в stderr, причем без символов конца строки. Я бы на питоне скриптик наваял, попроще будет.
PID запущенного процесса сохраняется в какой-то переменной bash - уточните в Advanced Bash Scripting Guide.
То, что пишет ffmpeg, надо направлять в awk, там разбирать и вызывать команду kill.
Наверное, как-то так...
Или можно еще перенаправить stdin и писать ей "q".