Для начала поподробней: какая версия ubuntu, какой десктоп?
Если с live-cd работает нормально, то вариантов всего два: либо что-то неудачно настроил в системе, либо подключил неудачный репозиторий.
Проверить вариант с настройками достаточнно просто. В домашнем каталоге у всех подкаталогов, начинающихся на символ точки (скрытые каталоги), замените эту точку, например, на подчеркивание и перегрузитесь. Чтобы их увидеть в наутилусе, достаточно нажать ctrl-h. Прав суперпользователя для этого не нужно. Если что, в любой момент можно переименовать обратно.
Для проверки второго варианта просто удалите все сторонние репозитории и переустановите все, что оттуда ставили, из стандартных Ubuntuшных.