В этом и проблема, что программа находится и запускается на клиенте, а не на сервере. Соответственно, php здесь неуместен.
У меня есть одна схема как это все сделать, но как заставить FF открыть ссылку, которую я передам ему как параметр командной строки в этой же вкладке? Он открывает в новой всегда...