Изменения в параметрах автозапуска приложений не фиксируются, словно при закрытии окна настройки все команды и "галочки", выставленные вручную, обнуляются. Стоит отметить, что при установке некоторых программ, предполагающих автозапуск, изменения встают на ПМЖ (но опять же, если с новой программы вручную убрать галку, мы вновь её увидим при повторном открытии окна настройки.)