Решил дополнить тему скриншотами и комментариями.
1. Запускаем в Dash CompizConfig
2. В категории "Специальные возможности" выбираем "Прозрачность, яркость и насыщенность"
3. Вкладка "Прозрачность" самая первая, поэтому мы сразу на нее и попадаем.
4. Раскрываем "Специфические настройки окна" (у Вас там должно быть пусто, просто я не стал удалять все правила, которые я уже создал для себя).
5. Нажимаем "Создать". В появившемся окне "Изменить" можно задать параметры вручную, а можно и с помощью "плюсика". Кликаем на этот "плюсик".
6. Тип (их там несколько, посмотрите сами): Тип окна. Значение - "Считать". Наводим указателем мыши на окно, с которого надо считать информацию согласно выбранного типа, и кликаем. Поле "Значение" заполнилось автоматически. Жмем "Добавить"
7. "Значение для окна" - это показатель видимости, т.е. 80% - видно, а 20% - нет. Жмем "Закрыть". Одно правило создано.
8. То же самое проделываем для диалоговых окон, но соверую делать это иначе - следует вводить данные вручную, причем сначала уровень прозрачности, а потом строчку
type=Dialog, иначе у вас панель станет абсолютно прозрачной.
Моя ошибка: выполнение всех шагов для диалоговых окон с п.5 по п.7 приводит к тому, что уровень прозрачности приходится настраивать наугад, ибо окно становится прозрачным.
9. Наши первые правила должны быть ниже всех остальных, которые мы потом обязательно создадим: вы же не хотите, чтобы окно браузера было полупрозрачным, или как смотреть видео, если плеер прозрачный, и видно рабочий стол вместо прелесной графики фильма АВАТАР. Правила придется добавлять по мере запуска важных для Вас приложений.
Красивые темы, для которых прозрачность имеет не последнее значение можно найти на gnome-look.org