поставить skype-wrapper?
или убить в процессах и запустить заново
Неа. Это все не годится.
Перепробывал все костыли и какие, вот решение:
dconf Editor -> desktop -> unity -> panel ->systray-whitelist = ['all']
ну или ['JavaEmbeddedFrame', 'Wine', 'scp-dbus-service', 'Update-notifier', 'skype']
Короче unity блокировал, по видимому это вопрос окружения.