А ещё лучше перед установкой одного диск со вторым отключать.
Совсем не факт. Примем, что Ubuntu устанавливается на другой физический диск, чем Windows. Тогда есть два варианта:
1. Диск с Windows не отключается и с вероятностью в 99,9% он указан по-умолчанию в BIOS загрузочным. Тогда, в ходе установки Ubuntu, потребуется выбрать диск, на который встанет Linuxовый загрузчик Grab. Жмём кнопочку "Дополнительно" на одном из этапов установки и выбираем просто sda (без номера), т.е. диск с Windows. Таким образом, Grab встанет на первый (загрузочный) диск, подхватит виндовый загрузчик и при перезагрузке выдаст меню выбора ОС. Понятно, что если диск с Windows отключить, то Grab её не увидит и не подхватит.
2. Диск с Windows отключается. Grab вместе с Ubuntu устанавливается на второй диск и не видит (не подхватывает) загрузчик Windows. Таким образом, загрузчик Windows и загрузчик Ubuntu существуют отдельно на разных винтах, а это означает, что выбор ОС придётся делать через BIOS посредством назначения другого винта загрузочным.
Это ТС, если речь идёт о нормальной установке. Если же это был вариант развития событий для Виртуальной Машины, то я не в курсе, что и как работает, извините.