Вчера все было в порядке, сегодня врубаю и вот такое чудо на верху вылезло.
Основная панель Gnome 3 скрывается автоматом при помощи плагина Auto Hide Top Panel и работает нормально, в приложениях вылезшее меню не видно.
Поиском увы не нашел как убрать сию панель, опытным путем выяснил что косяк явно в наутилусе.
Буду благодарен за помощь.