Тут дело не в твиках и не в настройках. Проблема эта появляется на совершенно чистой системе и заключается не в том, что нет кнопок управления окнами.
Суть проблемы: Unity вообще не видит (как правило одно из открытых) окон LibreOffice. Т.е. его нет на боковой панели, оно не видно в переключателе (alt+tab), и если вы нажмете на верхнее меню, которое видимо ошибочно принимайте за меню офиса, то обнаружите, что это меню не офиса, а рабочего стола (т.е. nautilus-а).
Как решить - незнаю. Сам роюсь в поисках ответа, т.к. данный глюк уже достал.
Все видно на приложенном скриншоте.