Знаю, что немного не в тему, но кто-нить пробовал поставить Cinnamon под Бунту 12.04?
Просто я пробовал, и в итоге он даже не пожелал запуститься, просто появился Apport и выдал мне, что была выявлена ранее неопределенная проблема и что разработчики будут стараться помочь мне в самые короткие сроки!
А вот относительно твоей темы: у меня было тоже самое в Kubuntu 11.10, так что не переживай. Только у меня было так в myagent-im. Ну и потом, зато ты не пропустишь важные сообщения от знакмых или по работе, так что тут 50 на 50, с одной строны полезно, что все сообщения до тебя дойдут, скажем так "горяченькими", а с другой стороны, то что перекрывают работу в других окнах!
Решать тебе, а я за фокусировку сообщений в Skype)