Для переключения раскладок в Emacs надо использовать емаксовскую переключалку раскладок, не системную. По умолчанию - это Ctrl-\
Emacs 24 (это бета) самостоятельно (в Ubuntu) определяет язык для переключения, в 23 возможно надо выбрать Options/Select Input Method/... Выбирать языковое окружение не надо - это для однобайтовых кодировок, не для utf-8.
Совмещение системной и емаксовской переключалок - для меня больная тема. В Интернете есть решение (использовать ibus), но для меня не сработало (при быстрой печати пропускаются символы).