В ~/.config/autostart (или полный путь /home/_имя пользователя_/.config/autostart) у вас лежат файлы, описывающие те программы, которым необходим автостарт
То есть, если вы обавили в автостарт workrave, то для него создастся файл в вышеуказанной директории
Найдите в файл, описывающий автостарт workrave, а в нем параметр NoDisplay
Поменяйте значение NoDisplay=true на NoDisplay=false
После этого в окне Автозапуска workrave исчезнет, но продолжит запускаться.