Ну, убивать свои конфиги я вам де-факто не рекомендую, лучше их просто переименовівать =)
А по делу: а что за система? Больше интересует именно окружение (Unity, Gnome, XFCE etc.).
Я могу ошибаться, но по-моему в параметрах конки есть что-то типа --verbose и оній отображает подробно все происходящее с собственно конки. Если есть (в мануале поищите), то запусти конки с єтим параметром и почитай в консоли, что происходит, когда ті щелкаешь мішью.
И кстати если он с дефолтніми настройками все же запустился и по щелчку исчез - он теряет фокус относительно десктопа. Єто значит, что где-то или в конфигах конки (дефолтніх) указано, что он не на переднем плане, или в конфигах десктопа указано, что он всегда на переднем плане. Однако если другие приложения не прячутся по клику на десктоп, то єто первій варіант. Ппопробуй в пол окна откріть тот же терминал и на свободной части окна кликни на десктоп - терминал должен потерять фокус, но не свернуться. Если же свернется - настраивай окружение. Если не свернется - сохрани свой конфиг конки и переустанови собственно сам конки, там будет легче всего.