У меня lubuntu и pcmanfm. Какие именно конфиги? Я пытался поставить gnome-shell, поэтому nautilus наверное не до конца снёс.
Ну тогда, для начала, попробуй удалить, то что осталось от gnome-shell или nautilus.
1. В synaptic нажать кнопку Статус(или Состояние), слева нажать на Неустановленные(остались настройки) и удалить всё, что выдаст. В картинках здесь
http://www.ubuntugeek.com/cleaning-up-all-unnecessary-junk-files-in-ubuntu.html2. Так же сделать autoclean.
sudo apt-get autoclean
3. Ну и на свой страх и риск попробовать gtkorphan. Удаляет "осиротевшие" зависимости, т.е. библиотеки, которые уже не используются программами. Так же есть в ссылке выше.
Конфиги находятся в /home/user/.config/.
Посмотрел в pcmanfm, там нестроек касающихся окон нет.
В папке openbox есть lubuntu-rc.xml и lxde-rc.xml. Нужно править только один, в зависимости какая сессия запускается lxde или lubuntu.
Я там нашёл два параметра. Возможно помогут:
<fullscreen>yes</fullscreen>
# make the window in fullscreen mode when it appears
<maximized>true</maximized>
# 'Horizontal', 'Vertical' or boolean (yes/no)
Всё, что после решётки - коментарии, править не нужно.