Network Manager как раз и меняет /etc/resolv.conf в соответствии со своими настройками.
В /etc/resolv.conf
nameserver 217.74.244.2
nameserver 217.74.241.10
nameserver 10.123.1.6
nameserver 10.123.1.8
search lan
nameserver 127.0.0.1
здесь будут работать только первые 3 nameserver
При таком содержимом файла nslookup forum.ubuntu.ru 192.168.3.1 выдает
;; connection timed out; no servers could be reached
если добавить туда nameserver 127.0.0.1 то выдается
ruslan@server:~$ nslookup forum.ubunru.ru 192.168.3.1
Server: 192.168.3.1
Address: 192.168.3.1#53
** server can't find forum.ubunru.ru: SERVFAIL
Попробуйте обратиться не к 192.168.3.1, а к 127.0.0.1, просто посмотреть что получится.
Ну не может bind начать работать, только из-за добавления nameserver, тем более этот nameserver не используется программами (так как 5ый по счету), тем более мы вообще не используем ДНС-сервера из resolv.conf.
И если видно что порт 53 открыт на 192.168.3.1, то значит что-то ответило nmap.
p.s. Тут подумалось неожиданно, проверьте не установлены у вас какие-либо другие DNS-сервера, может ставили dnsmasq? Если так, то bind по-умолчанию должен был использовать не 53 порт, но если вручную указать bind использовать 53, то не знаю что будет.