Про скорость в виртуалке уже ответили. Теперь про установку. Сначала ставят Win, затем Ubuntu рекомендуется, чтобы не было проблем с загрузчиком. Поэтому так, как Вы Ubuntu используете редко, то скоро (около 2 недель) выйдет новая версия Ubuntu 12.04 и ее рекомендуют ставить с нуля, а не обновлять старую версию. Установите Win, а через некоторое время установите новую версию Ubuntu.
Операционные системы работают не зависимо друг от друга. Они зависят только от загрузчика, который их запускает.