можно, для этого есть transmission-daemon , там в конфигурационном файле можно указать на файл настроек в вашей домашней директории (т.е настройки которого вы хотите "сохранить")
sudo apt-get install transmission-daemon transmission
остановить для настроек:
sudo service transmission-daemon stop
меняем настройки:
sudo nano /etc/default/transmission-daemon
CONFIG_DIR="ваш путь к дирректоррии с настройкми"
например:
CONFIG_DIR="/home/tv/.config/transmission"
OPTIONS="--config-dir $CONFIG_DIR"
в скрипте запуска:
sudo nano /etc/init.d/transmission-daemon
Меняем поле USER= на свое имя (с чьими правами будут сохраняться закачки)
например:
USER=tv
запускаем:
sudo service transmission-daemon start
для управления ставим удаленного клииента - transgui (Вместо веб интерфейса, гораздо функциональнее, версии есть еще под мак и винду)
sudo apt-get install transgui