Получится. В пределах этой темы, эти программы работают не с железом, а с програмно организованными данными. Не важно - виртуальное железо или реальное.
Можно не ставить систему на виртуалку. Загрузить виртуалку из файла с LiveCD Clonezilla*.iso, настроить сеть, по сети получив доступ к образу системы, развернуть образ на диск виртуалки. VBox shared folders использовать, видимо, не получится, т.к. надо поставить VBox guest additions. С USB не выйдет по той же причине. А вот через сеть или заранее сделанный файл с содержимым дополнительного для виртуалки жёсткого диска довольно легко дать доступ к образу. Кстати, Clonezilla есть в составе PartedMagic LiveCD, может быть PartedMagic будет удобнее для таких манипуляций, там ведь полноценная многооконная графическая среда. Хотя в Clonezilla есть все нужные инструменты.
Если по сети, то самый простой способ получить файл-сервер, это поставить openssh-server на комп-е с образом. Достаточно просто apt-get install openssh-server, проверить что он запущен, а фаервол его не блокирует. И после этого выбирать в Clonezilla SSH хранилище образа. При этом используется SFTP модуль SSH. А если на клиенте есть sshfs утилита, то можно использовать для монтирования удалённого каталога. Остальные файл-серверы надо настраивать, вникать в это (встроенным Ubuntu механизмом не пользовался, может быть он прост?).