Спасибо, Ancle! Это конечно тоже радикальное решение, но помогло. Переименовал все папки <folder>, как ты сказал в <folder-1>.
Потёрлись нескучные обои, Unity Launcher, всякие другие настройки. Честно, копаться, какую именно папку нужно было удалить лень, т.к. всё уже заработало. Если вам критичны ваши настройки, то удаляйте переименовывайте папки по одной, а не как я сразу все. А там уже в каждой из них перебирайте внутренние папки. Только после каждого такого переименования, как писал Ancle нужно выходить/входить в сеанс, чтоб настройки применились.
Если кому интересно, то вот, как починил самое заметное:
Поломалось всё, что было нажито непосильным трудом в Chrome/Chromium. Возвратить просто. Nautilus в домашней папке Вид-Показывать скрытые файлы и папки. Зашел в .config и скопировал папки chromium и google-chrome. В Opera всё сохранилось, а про про Firefox не знаю, не пользуюсь.
Слетела русская раскладка. "Системная" кнопка (ну которая сверху справа) - Параметры системы - Раскладка клавиатуры - + - Русская - Параметры - Клавиша для смены раскладки. Выбираем, что нравится.