Переустанавливал систему 12.04 после того, как Ubuntu Tweak вывела из строя системную тему. После установки вылезла такая же беда - не отображаются рамки окон. Приходится запускать metacity --replace чтобы рамки появились. На обновлённых с 11.04 таких проблем не наблюдаю.