Спасибо за наводку. Проанализировал изменения в теме. Немного подправил новую тему. Теперь netbeans стала нормально отображаться, менюшки стали как и положено с тёмным фоном и белыми буквами. Если получится, позже выложи diff.
Цвет меню Gnome так и не исправил... оно всё равно белое.