Как выяснилось, в syslog постоянно писалось:
May 6 13:44:54 vostro HWActivator: HWActivator: sockaddr is not binded.
May 6 13:44:57 vostro HWActivator: fxz:The path=/usr/local/MegaFon_Internet/config/autorun/config
May 6 13:44:57 vostro HWActivator: Open config file failed, asume the autorun is activated
May 6 13:44:57 vostro HWActivator: start MobilePartner, the dashboard is .bin
May 6 13:45:09 vostro HWActivator: HWActivator: sockaddr is not binded.
May 6 13:45:12 vostro HWActivator: fxz:The path=/usr/local/MegaFon_Internet/config/autorun/config
И так без конца. HWActivator, насколько я понял, это прога от хуавей, которая режимы у модема меняет. Нашел в etc/init.d файл runhwactivator и удалил.
Также в /lib/udev/rules.d/10-Huawei-Datacard.rules закоментил строку
ACTION=="add", SUBSYSTEMS=="usb", ATTRS{modalias}=="usb:v12D1*", RUN+="/usr/local/MegaFon_Internet/driver/HWActivator .bin"
Сейчас вообще все хорошо работает. MobileParthner вместе с gdm и при втыкании модема не запускается, можно запустить из меню.