Имхо надо с драйверами поэксперементировать...
Если открытый, то поставить проприетарный (коли есть возможность); ну или, соответственно, наоборот...
Можно еще попробовать, имхо, отрубить тени в Компизе...
На худой конец юзать Юнити 2d (наиболее корректно работающая Юнити). Или в ней тоже так?..