Unity и Gnome3 работают со своими настройками изначально. Настаивать что-либо бесполезно.
Это не совсем так.
( боюсь ошибиться, но по моему только "Шелл" работает с "Мутер")
ТС, возможно, твоя карта не тянет "Компиз", а может необходимо
доустановить плагины "compiz-plugins-extra"
----------------
И таки да, я тоже советую "Каиро" тем, кому "Юнити" не нравится.
(хотя это тоже Гноме-3)