У себя решил эту проблему заменой апплета "часы" с расширенного, где можно выбирать часовые пояса и включить отображение погоды и т. д. на стандартный, который по-умолчанию. Либо можно отключить в компизе плагин "размещение окон", но тогда заголовки открываемых окон начинают заползать под верхнюю панель.