В пакете, установленном из репозитория, нету плагина для PHP. Устанавливать все необходимые плагины (PHP, HTML, Javascript, CSS) вручную лениво. Но плюсы у установленного из репа есть: он не создает новые окна для загрузочного и основного, все в одном, поэтому на лаунчере никаких багов нет.
А NetBeans, установленный с оф. сайта имеет все нужные плагины, но постоянно создает новые окна. Поэтому, если закрепить его на лаунчере и запустить, то создастся новая ячейка на лаунчере для открывшегося окна и останется та, которая закреплена. Вот так.
Извиняюсь за сумбурность описания, чего-то я лучше описать не могу...