вам написали, как при сборке указать версию gtk
в ubuntu есть пакетный менеджер, собирайте хоть все из исходников, но делайте для них deb пакеты и ставьте в соответствии с требованиями системы.
Если решили превратить /usr в свалку, это уже ваши личные проблемы.