neon1ks,
Прошу прощения. Не судите строго, я каким то образом жёстко лоханулся. Удивляюсь сам. Действительно был установлен пакет nvidia-prime, при этом он не мешал работе bumblebee. Установлен был мной по недосмотру. Анализируя лог установки в прошлом, я вижу, что этот пакет был установлен в момент установки nvidia драйверов и bumblebee.
Устанавливал bumblebee из основного репозитория, а не из PPA, то есть не по вашей инструкции, и пока не знаю, в чём же собственно разница. Устанавливал драйвера и bumblebee одной командой $ sudo apt-get install nvidia-331-updates bumblebee
nvidia-prime удалил, и строчка в nvidia-settings сразу исчезла. Осталось на будущее разобраться как инсталлировать драйвера проприетарные nvidia так что бы, потом nvidia-prime не пришлось удалять после, удалить то не сложно, просто как то не правильно получается.