я делал обёртку для mencoder i ffmpeg
в своём php скрипте dbscript4
работает до сих пор ,параметры задаю из под админки
для пользователя же видна только кнопка перекодировки
но swf такого формата не видел. если оно поддерживается указанными программами то их и надо по идее изучать