1. Если у тебя два HDD то подключи оба(физически).
2. Опять же, в случае двух HDD выбери в загрузку тот HDD, где стоит Ubuntu.(либо через биос, либо через бутменю).
2'. Если это не поможет, то грузись с LiveCD или LiveUSB.
Далее как, san-alex, написал.