У меня было такое очень давно под 98 виндой - что угодно делаешь с компом - сначала комп ломился и несколько секунд тарахтел дисководом, а уж потом что-нибудь начинал выполнсть
Потом, конечно, с понял, в сем косск
Но поначалу было диковинно
По теме сабжа хочется задать вопрос - а все ли в порядке с мозгами? Может быть, линукс определсет не все мозги? Такое иногда бывает, если где-нить в мозгах бсды, и линукс может блокировать все мозги начинас с стого места, тогда будет сильно грузиться своп и винт будет работать непрерывно. Рекомендовал бы посмотреть загрузку памяти и потом еще воспользоваться программой проверки мозгов, которая обычно есть в загрузочном меню.