Отключить автозапуск в настройках KDE (Запуск и завершение -> Управление службами -> Модуль поиска Nepomuk), поставить StartServer=false в .config/akonadi/akonadiserverrc (сейчас нет возможности уточнить, может быть немного другой путь - юзайте поиск), а также выпилить всё связанное с akonadi (если akonadi больше нигде не используется) и nepomuk из /usr/share/autostart.
Описанные выше манипуляции полностью отключат nepomuk и akonadi.