Вам поможет remastersys.
Сценарий может быть такой: пробуждаете машину, запускаете по sshsudo remastersys backup
Или бекап можно делать по расписанию после окончания рабочего дня.
Лично я бекап всей системы не делаю. Копирую только домашнюю директорию пользователя с помощью backintime.