Зачем было с сайта устанавливать deb, когда в репозитории есть 4.0.0.8 с правильным зависимостями лежит.
sudo apt-get install skype
и всех делов.
1. Когда создавал топик, в репе лежал еще старый скайп (не помню версию, но вроде 2.1).
2. Из репов обновлял, wine обновлял, LibX обновлял - всегда выплывала ошибка.
3. Из lib.so.conf.d инклюдятся все *.conf файлы, а при установке/удалении эти зависимости не проверяются.
Соответственно у меня в одном из конфигов была ссылка на старую версию библиотеки libx, и никакие установки/переустановки не могли ее исправить.
Надеюсь разъяснил.