В чем может быть проблемма, может кто-то сталкивался с ней?
Что то смутное подсказывает мне - что проблема в Винде, как минимум процентов на 50%

... Дажде можете считать меня параноиком

...
Уважаемый аффтор! А не прикупить ли вам второй дисок, специально для Linuxа? - Проблем будет в разы меньше, за исключением ошибки размещения GRUB при установке - от этого ни кто не застрахован...
Что бы ошибок было ещё меньше, то при установке Linuxа на ворой диск - лучше выключить Виндовый, физически вытащить шнурок из САТА разъёма...
Когда Linux таким образом установится и настроится, то Винду можно подключить обратно, а загрузочный диск выбирать в БИОСе при рестарте...