была проблема. проверьте автозагрузку на предмет наличия там setxkbmap, правда я ее туда сам вписал, пытался поменять поведение клавиши del на цифровой клавиатуре, способ не сработал, но я забыл убрать запись из автозагрузки.
потом эта запись самопроизвольно изменилась без моего вмешательства, прямо посреди работы. апплет клавы ничего не мог изменить, долго ломал голову и вспомнил. возможно нечто подобное случилось и у вас