У Вас какие-то странные представления о том, как нарезается видео.
Ничего с исходными данными в нелинейных редакторах не происходит: все изменения вроде нарезки, фильтров и переходов применяются недеструктивно.
Если взять тот же Kdenlive и закинуть в него двухгиговый файл кино, он за две минуты сгенерит превью звуковой дорожки, которую потом можно мгновенно грохнуть. Дальше лезвием просто щёлкаем по нужным участкам, глядя на монитор клипа. После переключаемся на выделитель, выделяем ненужное, нажимаем Del, и оставшееся соединяем. Поскольку границы клипов автоматически прилипают друг к другу, на компоновку времени уходит всего ничего.
Всё описанное выше при условии порезки на 10 фрагментов у меня заняло три минуты (резал не глядя).
Единственный потенциальный выигрыш во времени, который я могу себе представить — автоматическое применение переходов, но и это не такая проблема, если использовать тот же PiTiVi, где кроссфейды делаются с закрытыми глазами — просто совмещением двух клипов.
Короче, я не хочу с Вами спорить: упорствуйте на здоровье. Таких программ как Вы хотите в линуксе нет. Ближайшее похожее — Avidemux.