У меня такая же проблема и вот что я нарыл(довольно быстро, кстати):
Проблема связана с драйвером кардридера rts5139(видимо совместимость с UEFI или что-то типа того, я не до конца понял).
Чтобы работали USB-порты, нужно добавить в блэк-лист этот самый драйвер.
Примерно так:
sudo gedit /etc/modprobe.d/blacklist.conf
(вместо gedit можно использовать текстовый редактор по своему вкусу)
в самом конце добавляем
blacklist rts5139
Сохраняем файл, перезагружаем машину, теряем кард-ридер, получаем работающие USB-порты.
Решение взято отсюда:
https://bugs.launchpad.net/ubuntu/+source/linux/+bug/863152?comments=aP.S. Не стоит создавать два одинаковых топика