К сожалению, я не очень разбираюсь в том.,как работает Wubi. Да и мало кто на этом сайте разбирается, так как Wubi - плохая идея.
Могу предложить более кординальный способ.
1. Создаёте или находите и держите под рукой загрузочный диск одной из Убунт. Лучше 11.04, а ещё лучше 12.04.
2. Удаляете из Windows ту Ubuntu, что ставили через Wubi.
3. Перезагружаете компьютер и пробуете снова запустить Windows.
4. Если не получается, запускаете Ubuntu с установочного диска в режиме "Без установки" ("Попробовать Ubuntu" или что-то вроде).
5. Создаёте на винчестере три раздела под Ubuntu по этой инструкции:
https://help.ubuntu.ru/manual/разметка_диска6. С рабочего стола запускаете "Установить ubuntu" и монтируете части системы к заранее созданным разделам. Загрузчик Grub устанавливаете на тот винчестер на котором стоит Windows. Именно на винчестер, то есть на sda, без указания номера раздела.
7. После завершения установки получаете меню выбора при загрузке в Ubuntu или в Windows. При этом Ubuntu будет стоять полноценно второй системой.
Примечание. Если сомневаетесь, то на шаге 5. (или сразу сейчас) сделайте снимок программы Gparted и покажите его здесь.
https://forum.ubuntu.ru/index.php?topic=49898.0